起源は明らかではありませんが，滋賀県にあった伊吹山大根を桃山の一部(大亀谷)に移して栽培したものと言われ，別名大亀谷大根とも呼ばれています。この大根は根の先が細くねずみの尻尾の様であったことから，鼠大根とも呼ばれていました。文献から推察すると，1700年頃から栽培されていると考えられています。しかし，大亀谷大根と桃山大根は別のもので，桃山大根は従来京都で栽培されていた中堂寺系大根であるという説もあります。